Buddy Complex: Kanketsu-hen – Ano Sora ni Kaeru Mirai de Cerita berkisar tentang persahabatan di antara dua anak laki-laki yang berbeda zaman. Cerita dimulai dengan seorang bernama Aoba Watase, seorang anak lelaki SMA di Tokyo dengan kehidupan sehari-harinya yang menyenangkan. Suatu pagi di sekolah setelah liburan musim panas, dia mendapatkan serangan dari orang tak dikenal.
